A gyökércsúcson kialakuló gyulladásos folyamatok egy speciális formája, amikor a gyulladsz szövetben olyan átalakulás megy végbe, hogy a hámsejtek egy csoporta egy folyadékkal teli üreget alakít ki. Ezt a körülírt szövetszaporulatot nevezzük cisztának.
A fő problémát az jelenti, hogy a ciszta mérete beavatkozás nélkül folyamatosan növekszik. Extrém esetben akár a szomszédos fogak gyökerét is eltolhatja, vagy felszívódást okozhat.

Röntgenen elkülöníteni egy egyszerűbb gyulladt szövetet és egy kialakulóban levő kis cisztát szinte lehetetlen. Ezért kell már a kisebb elváltozásokat is korán kezelni. Nagyobb, kifejezetten kör alakú röntgenelváltozások során biztosabban gyanakodhatunk ciszta jelenlétére.

Másik lényeges különbség, hogy a már kialakult ciszták általában nem húzódnak vissza gyökérkezelés során sem. Ezért cisztára utaló tünetek esetén minden esetben javasolt a sebészi kezelés. Sajnos nagy kitejedséű ciszták esetén sok esetben a fogeltávolítás a választandó kezelés.

Ciszta eltávolítása esetén a folyamat hasonló sebészi kezelést jelent, mint a korábban leírt rezekció műtéte. A műtét során gondot fordítunk arra, hogy lehetőleg a ciszta tartalma ne ürüljön ki, ám a legfontosabb mégis az, hogy a teljes szövetet eltávolítsuk. Amennyiben az üreget bélelő hámsejtek egy része nem kerül eltávolításra, nagy esély van arra, hogy a ciszta kiújul.